En 1961, l’École prend le nom d’« École d’application militaire de l’énergie atomique ».
Ce changement reflète son élargissement interarmées, passant de l’adjectif « maritime » à « militaire ».

Les missions de formation à cet époque
L’activité principale de l’EAMEA en 1961 était de préparer les marins et militaires français à la vie du nucléaire, qui était alors en plein essor sous l’impulsion du général de Gaulle.
La propulsion nucléaire navale : Formation des futurs équipages des sous-marins nucléaires comme pour le futur Gymnote 2 (Q244). (le projet du premier sous-marin nucléaire français, le Q244, avait été lancé quelques années plus tôt, bien qu’il ait été réorienté ensuite).
L’armement nucléaire : Principes physiques lié au radiations et aux protocoles de sécurité liés aux armes atomiques en général.
La protection et la sécurité : Enseignement de la radioprotection et de la maîtrise des risques nucléaires pour les personnels militaires.
