L’association est née en 1996, à l'initiative, à l'origine et notamment, de l'officier supérieur, adjoint "Terre" de l'École des Applications Militaires de l’Énergie Atomique (EAMEA) et de différents aspirants et scientifiques du contingent y effectuant leur service national. Elle a, alors, pris le nom de "Styx - Association de l'École Atomique" (Statuts déposés à  la sous-préfecture de Cherbourg le 5 juillet 1996 et parution au journal officiel de la République Française le 31 juillet 1996).

À la suite des départs des membres fondateurs, l’association est tombée en sommeil. Mais en 2006, il a paru opportun, sous l'impulsion du commandant de l'école de l'époque, de la « réanimer », afin qu'elle puisse agir notamment comme « comité de soutien » au profit de l’EAMEA/GEA dans le cadre des manifestations envisagées pour fêter le cinquantenaire de l’école. Ses statuts ont été alors modifiés pour ouvrir plus largement l’association à tous ceux qui avaient travaillé dans l'établissement et prendre en compte le groupe d’études atomiques (GEA), en devenant "Association Styx des anciens cadres et élèves de l'EAMEA-GEA".