À sa création, en 1956, L'EAMEA, c'est à dire l'École d'Application Maritime de l'Energie Atomique se trouve  à Paris, non loin de la Tour Eiffel ! Puis elle gagne deux ans plus tard Cherbourg (Manche) et s'installe dans des bâtiments d'une ancienne caserne de l'armée de terre, la caserne Proteau, boulevard de la Bretonnière (site de l'arsenal de Cherbourg), déjà en partie occupée par l'École des Fourriers de la Marine avant son transfert à Rochefort (1964).

Découvrir la caserne Proteau grâce à  La collection de cartes postales de Bruno W.

Dans la pratique l'EAMEA est alors désignée comme l'École Atomique, même si officiellement elle n'a jamais porté ce nom si ce n'est sur les bonnets réglementaires de son personnel équipage et cela, y compris, lorsqu'elle deviendra École d'Application Militaire de l'Energie Atomique en 1961, puis École des Applications Militaires de l'Énergie Atomique en 1974! Elle accueillera également en son sein, le Groupe d'Études Atomiques (GEA).


Un nouveau déménagement est réalisé le 19 février 2014 (date officielle), c'est fois sur le proche site militaire de Querqueville, situé rue du Port. L'EAMEA se retrouve alors avec différentes unités de la marine et des armées au fur et à mesure des restructurations et nouvelles organisations, et en particulier avec l'École des Fourriers revenue de Rochefort et devenue en 2022, l'École des Spécialités du Commissariat des Armées.

Les derniers éléments de l'EAMEA/GEA restant encore sur le site historique du boulevard de la Bretonnière rejoignent Querqueville à l'automne 2023 (inauguration le 18 octobre 2023).